Ecza depoları İlaç Takip Sistemi kapsamında çalışacaklardır. Ecza depoları kendilerine bir karekodlu ürünün geldiği günden önce bu konuda hazırlık yapmış olmalıdırlar.

2.2.2008 tarihinde yürürlüğe giren Beşeri Tıbbi Ürünler Ambalaj ve Etiketleme Yönetmeliği değişikliğine ve yayımlanmış olan ilgili kılavuzlara göre, Ecza Depolarının İlaç Takip Sistemi'ne uyumu için aşağıdaki bilgilere göre çalışmaları gerekmektedir:

1. Karekod okuyabilen Barkod okuyucu(lar) edinmek,

2. Halen var olan yazılımlarında karekod uyumunu sağlamak. Buna göre, ürünlerin karekodlu olması halinde ecza deposunun kendi sisteminde bilgilerinin saklanması gerekmektedir. Ecza depoları aldıkları ürünlerin kontrolü, mal hazırlama ve satışta kendilerine en uygun süreçleri tespit etmeleri gerekmektedir.

3. Eczacılara satış bilgilerini dijital  ortamda iletebilmek için bir altyapı kurulması da faydalı olacaktır. İTS'nin veri yapısı buna uygundur, bu veri değişiminin olgunlaşması için çalışmalar da ilaç sektöründe yapılmıştır.

Karekodlu ürünler Ocak 2009 ayı içinde piyasaya girmiş, ancak Sosyal Güvenlik Kurumu ve diğer geri ödeme kurumlarının henüz mevzuatlarını uyumlaştırmamış olmasından dolayı ilaçların piyasaya girmesi gecikmektedir.

İlaç Takip Sistemi'ne yazılımların erişmesini sağlamak üzere her ecza deposuna bir kullanıcı adı ve şifre sistem yönetimince tahsis edilecektir.

Her ecza deposu için bir GLN numarası sisteme erişimde kullanılması gerekmektedir. GLN numaraları olan Ecza depolarının il sağlık müdürlüklerine gidip bilgilerini güncellemeleri gerekmektedir. GLN numaraları olmayanların numaraları bilgilerinin güncellenmesi sonrasında belirlenecektir.

! Halen bilgilerini eksik gönderen bazı ecza depoları bulunmaktadır. Özellikle IEGM sisteminde ecza depolarının mail adreslerinin tamamlanması gerekmektedir.